Hemos estado mirando las distintas herramientas que hay en Internet para documentar un proyecto y parece que Doxygen es la que nos parece más potente y fácil de usar. Posee una opción para utilizar los comentarios JavaDoc por lo que el que conozca esta forma de comentar ya lo tiene todo hecho, y ese es más o menos mi caso.
El resultado es algo parecido a esto:

¡Ahora sólo queda comentar el código!
Saludos